جلد 8، شماره 2 - ( 6-1398 )
جلد 8 شماره 2 صفحات 85-77 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Davoodi Z, heydarnejad J, Masoomi H. (2019). Next Generation Sequencing Technique and Its Application in Plant Virology. Plant Pathol. Sci.. 8(2), 77-85. doi:10.29252/pps.8.2.77
URL: http://yujs.yu.ac.ir/pps/article-1-265-fa.html
URL: http://yujs.yu.ac.ir/pps/article-1-265-fa.html
داودی زهره، حیدرنژاد جهانگیر، معصومی حسین. تکنیکِ نسل جدید توالی‌یابی و کاربرد آن در ویروس‌شناسی گیاهی دانش بیماری شناسی گیاهی 1398; 8 (2) :85-77 10.29252/pps.8.2.77
بخش گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان ، z.davoodi20@yahoo.com
چکیده: (5727 مشاهده)
داودی ز، حیدرنژاد ج و معصومی ح (1398) تکنیکِ نسل جدید توالی‌یابی و کاربرد آن در ویروس‌شناسی گیاهی. دانش بیماری‌شناسی گیاهی 8(2):85-77. DOI: 10.2982/PPS.8.2.77
تعیین توالی دی‌اِن‌اِ در همه شاخه‌های علوم زیستی کاربرد دارد. در میان اولین فن‌آوری‌های پیشرفته نسل توالی‌یابی، دانشمندان با ظهور توالی‌یابی سنگر، توانستند اطلاعات ژنتیکی گونه‌ها را در هر سیستم بیولوژیکی مشخص کنند. اگرچه هنوز هم این تکنیک به‌دلیل کیفیت توالی‌های خوانده شده، مورد توجه است، اما محدودیت هایی چون مقیاس کار، سرعت و تفکیک‌پذیری موانعی است که مانع دسترسی دانشمندان به اطلاعات اساسی مورد نیاز شده است. برای غلبه بر این موانع، فنآوری توالی‌یابی نسل جدید (NGS) در شروع قرن 21 ارائه شد. این فنآوری، توالی‌یابی بسیار کارآمد، سریع و کم هزینه را نسبت به فنآوری استاندارد و سنتی توسعه یافته در اواخر دهه 1970، فراهم نمود. در سال 2009 فنآوری NGS برای چندین جنبه ویروس‌شناسی گیاهی از جمله توالی‌یابی ژنوم، کشف و ردیابی، اکولوژی، اپیدمولوژی و تکثیر ویروس‌ها و ویروئیدها استفاده شد. انتظار می‌رود که فنآوری NGS نقش بسیار مهمی در بسیاری از تحقیقات ویروس‌شناسی گیاهی داشته باشد.
فهرست منابع
1. Adams IP, Glover RH, Monger WA, Mumford R, Jackeviciene E and Navalinskiene M (2009) Next-generation sequencing and metagenomic analysis: a universal diagnostic tool in plant virology. Molecular Plant Pathology 10:537-545. [DOI:10.1111/j.1364-3703.2009.00545.x]
2. Al Rwahnih M, Daubert S, Golino D and Rowhani A (2009) Deep sequencing analysis of RNAs from a grapevine showing Syrah decline symptoms reveals a multiple virus infection that includes a novel virus. Virology 387:395-401. [DOI:10.1016/j.virol.2009.02.028]
3. Al Rwahnih M, Daubert S, Urbez-Torres JR, Cordero F and Rowhani A (2011) Deep sequencing evidence from single grapevine plants reveals a virome dominated by mycoviruses. Archives of Virology 156:397-403. [DOI:10.1007/s00705-010-0869-8]
4. Barba M, Czosnek H and Hadidi A (2014) Historical perspective, development and applications of next-generation sequencing in plant virology. Viruses 6:106-136. [DOI:10.3390/v6010106]
5. Boonham N, Kreuze J, Winter S, Vlugt R and Bergervoet J (2014)Methods in virus diagnostics: From ELISA to next generation sequencing. Virus Research 96:1-12. [DOI:10.1016/j.virusres.2013.12.007]
6. Gupta A K and Gupta UD (2014) Next Generation Sequencing and Its Applications. Pp.345-367. In: Verma AS and Singh A (eds.). Animal Biotechnology Models in Discovery and Translation. Academic Press, Elsevier Science. [DOI:10.1016/B978-0-12-416002-6.00019-5]
7. Herzyk P (2014) Next-Generation Sequencing. Pp. 125-145. In: Padmanabhan S (ed.). Handbook of Pharmacogenomics and Stratified Medicine. Academic Press, Elsevier Science. [DOI:10.1016/B978-0-12-386882-4.00008-6]
8. Ma M, Huang Y, Gong Z, Zhuang L, Li C and Yang H (2011) Discovery of DNA viruses in wild-caught mosquitoes using small RNA high throughput sequencing. PLoS One 6:e24758. [DOI:10.1371/journal.pone.0024758]
9. Mardis ER (2007) The impact of next-generation sequencing technology on genetics. Trends in Genetics 24:131-141. [DOI:10.1016/j.tig.2007.12.007]
10. Masoudi-Nejad A, Narimani Z and Hosseinkhan N (2013) Next Generation Sequencing and Sequence Assembly: Methodologies and Algorithms. Springer, New York, 86p. [DOI:10.1007/978-1-4614-7726-6]
11. Maxam A M and Gilbert W (1977) A new method for sequencing DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 74:560-564. [DOI:10.1073/pnas.74.2.560]
12. Murphy KM, Berg KD and Eshleman JR (2005) Sequencing of genomic DNA by combined amplification and cycle sequencing reaction. Clinical Chemistry 51:35-39. [DOI:10.1373/clinchem.2004.039164]
13. Nelson CW and Hughes AL (2015) Within-host nucleotide diversity of virus populations: Insights from next-generation sequencing. Infection, Genetics and Evolution 30:1-7. [DOI:10.1016/j.meegid.2014.11.026]
14. Roossinck MJ, Saha P, Wiley GB, Quan J, White JD and Lai H (2010) Ecogenomics: using massively parallel pyrosequencing to understand virus ecology. Molecular Ecology 19:81-88. [DOI:10.1111/j.1365-294X.2009.04470.x]
15. Rosario K, Padilla-Rodriguez M, Kraberger S, Stainton D, Martin DP and Breitbart M (2013) Discovery of a novel mastrevirus and alphasatellite-like circular DNA in dragonflies (Epiprocta) from Puerto Rico. Virus Research 171:231-237. [DOI:10.1016/j.virusres.2012.10.017]
16. Shendure J, Mitra RD, Varma C and Church GM (2004) Advanced sequencing technologies: methods and goals. Nature Reviews Genetics 5:335-344. [DOI:10.1038/nrg1325]
17. Wylie SJ, Li H, Dixon KW, Richards H and Jones MGK (2013) Exotic and indigenous viruses infect wild populations and captive collections of temperate terrestrial orchids (Diuris species) in Australia. Virus Research 171:22-32. [DOI:10.1016/j.virusres.2012.10.003]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
