سوختگی زودهنگام، ناشی از Alternaria alternata یک بیماری مهم گوجهفرنگی است، که خسارت اقتصادی قابل توجهی به محصول وارد میکند. هدف از این پژوهش بررسی کارایی دو قارچ Funeliformis mosseae وTrichoderma harzianum برای یافتن روش مناسب مبارزه زیستی بیماری بود. بدین منظور ابتدا با روش کشت متقابل تاثیر بازدارندگی از رشد پرگنه بیمارگر توسط T. harzianum در شرایط آزمایشگاه بررسی شد، که T. harzianum باعث کاهش 70 درصدی رشد پرگنه بیمارگر شد. سپس مایهزنی گوجهفرنگی با F. mosseae و T. harzianum ، به تنهایی و باهم به صورت ترکیبی علیه A. alternata در شرایط گلخانه در قالب طرح کاملاً تصادفی، در سه تکرار برای هر تیمار بررسی شدند. شاخصهایی نظیر میزان کلروفیل a، b و کل، فنل کل، آنزیمهای کاتالاز و پراکسیداز و صفات رشدی گیاه شامل تعداد ساقه، ارتفاع ساقه، وزن تر و خشک اندامهای هوایی، طول ریشه و وزن تر و خشک ریشه اندازهگیری شدند. تجزیه و تحلیل آماری دادههای این آزمایش نشان داد که، کاربرد T. harzianum و F. mosseae با افزایش فعالیت آنزیمهای آنتیاکسیدانت مانند کاتالاز و پراکسیداز و ترکیبهای فنلی، باعث بهبود رشد و افزایش ماده خشک گوجهفرنگی در شرایط آلودگی به بیمارگر می شوند.