قارچهای همزیست ریشه جذب آب و عناصر غذایی را برای گیاه بهبود می‌بخشند و گیاه نیز کربوهیدرات‌های لازم برای قارچ را فراهم می‌کند و این رابطه‌ای سودمند برای هر دو طرف است. بسیاری از گیاهان به قارچهای همزیست ریشه برای جذب بعضی عناصر معدنی مورد نیاز خود و مقاومت به تنش‌های محیطی مانند خشکی، آلودگی خاک به فلزات سنگینی مانند سرب، روی و کادمیم نیازمند هستند. برخی از باکتری‌های خاکزی نیز به عنوان جزء سوم مجموعه‌ی قارچ‌ریشه، شناخته شده‌اند، که باعث بهبود عملکرد این رابطه همزیستی می‌شوند و به عنوان باکتری‌های کمکی قارچ‌ریشه نامیده شده‌اند.
میکوویروسها یا ویروسهای انگل قارچها دارای ژنوم ssRNA، dsRNA یا dsDNA هستند. بعضی از این ویروس‌ها دامنه میزبانی محدودی داشته و فقط جدایه خاصی از میزبان را آلوده می‌کنند، در مقابل بعضی توانایی آلودهسازی جنس‌های مختلف یک تیره از قارچها را دارند. این ویروس‌ها اغلب در قارچهای میزبان با پیوند ریسه‌ای انتقال می‌یابند. اکثر این ویروس‌ها باعث کاهش قدرت بیماری‌زایی میزبان خود می‌شوند و این پدیده به نام کم‌آزاری شناخته می‌شود. میکوویروسها می‌توانند به‌عنوان یک ابزار قدرتمند در مبارزه زیستی با قارچهای بیمارگر و ایجاد مقاومت القایی در گیاهان استفاده شوند.
